זיהום פטרייתי בנרתיק מקורו במרבית המקרים בשמרי קנדידה אלביקנס. מרבית הנשים חוות זיהום פטרייתי בנרתיק לאורך חייהם. קנדידה שוכן בריכוזים נמוכים בנרתיק, בחלל הפה, במערכת העיכול ועל פני העור, אם כי, בדרך כלל אינו גורם לזיהום ואינו מעורר תסמינים.
במצב תקין, שמרי קנדידה וחיידקים אחרים השוכנים באזור הנרתיק, נמצאים באיזון. עם זאת, לעיתים חלה עלייה בריכוז הקנדידה דבר אשר מוביל לזיהום.
