הצעד הראשון בהערכה הוא לוודא על המצאות שמרי קנדידה בשתן באמצעות בדיקת שתן ובדיקת צואה. הימצאות של מוגלה בשתן אינה משמשת כממצא ספציפי. המאפיינים המורפולוגיים בשתן משתנים בהתאם לסוג הקנדידה ומסייעים להבחין בין מינים שונים.
קנדידה עשוייה לגרום להופעת תסמינים אולם לא בכל המקרים. בחולים סימפתומטיים הסובלים מקנדידה, בדיקת אולטרסאונד של הכליות הינה צעד חשוב נוסף.
כאשר אורגניזמים מאובחנים במערכת השתן, חייבת להיעשות בדיקה לזיהוי הזיהום ומיקומו- דרכי השתן העליונות או התחתונות. במרבית המקרים, הזיהום הינו קנדידה. כאשר מיני הקנדידה מאובחנים בדרכי השתן, הרופא המטפל מוכרח להמליץ על טיפול מתאים אנטי פטרייתי בהתאם למיקום הקנדידה.
