האינטראקציה בין קנדידה לבין המערכת החיסונית היא חלק חשוב מתכנית הטיפול בקנדידה. מערכת חיסון חזקה היא קו ההגנה הראשון נגד יתר קנדידה, אך היא גם אחת המערכות הראשונות בגוף הפגיעה להתקפי קנדידה.
אך שיש לטפל במערכת החיסונית מפני הנזק הנגרם על ידי קנדידה, ואף לשמור עליה חזקה יותר מפני התקפי קנדידה לטווח הארוך.